GLmol - Molecular Viewer on WebGL/Javascript

== GLmol とは ==

GLmol は、Javascript と WebGL を利用した分子構造ビューアです。
Java やプラグインを使わず、ブラウザの機能だけで分子の三次元構造を表示できます。
LGPL3 のオープンソース・プログラムとして開発しています。

== 機能 ==

現在、以下の機能があります。他にも多くの機能が開発中です。

* PDB ファイルの読み込み
* SDF/MOL ファイルの読み込み
* ローカルにあるファイルの読み込み (File API を使用。Safari は未対応)
* RCSB PDB サーバから直接PDBファイルを読み込み 
* マウスによる分子の回転・平行移動・拡大縮小 (タッチパネル対応も開発中)
* フォグとスラブ
* 各種表示方法
   -  線
   -  棒
   -  球(ファンデルワールス半径または固定半径)
   -  主鎖トレース
   -  リボン
   -  温度因子に合わせた太さのチューブ
   -  ヘリックスを円柱表示
   -  上記の組み合わせ
* 核酸塩基の特殊表示
   -  棒
   -  線
   -  ラダー
* 各種着色
   -  鎖ごと
   -  二次構造 (SHEET/HELIXレコードに記載がある場合)
   -  元素
   -  グラデーション
   -  極性・非極性
   -  温度因子
   -  カスタム
* 結晶学
   -  単位胞表示
   -  パッキングの表示 (REMARKセクションに記載がある場合)
* 生物学的多量体(biological assembly)の表示 (REMARKセクションに記載がある場合) 

== 動作環境 ==

Firefox, Chrome, Safari, Opera の新しいバージョンで動きます。
WebGL をサポートしていれば、Android タブレットなどでも動くはずです(未確認)。
WebGL を有効にした iOS 上の Safari でも動作したそうです。
Internet Explorer は WebGL をサポートしないため、動作しません。

== トラブルシューティング ==

画面が黒いままで何も映らない場合は、WebGL が無効かもしれません。

Safari では、環境設定の「詳細」から「開発メニュー」を表示するようにして、
[開発]-[WebGLを有効にする]を選んでください。

Chrome や Firefox で動かないときは、http://d.hatena.ne.jp/nakamura001/20110325/1301015219
を参考に、強制的に WebGL を有効にできることがあります。

== 埋め込み方法 ==

埋め込みの方法を示したドキュメントは整備中です。当面は、
"embedding-examplesJA.html" を参考にしてください。

XmlHttpRequest は Same-Origin-Policy の制約を受けるため、GLmol は
RCSB PDB サーバか、設置場所と同じサーバからしか PDB ファイルを読み込めません。
これが問題となる場合は、PDB ファイル全体を html に埋め込んでください。
(トリヨードチロキシンの例を参照)

== 連絡先 ==

プロジェクトのサイトは http://webglmol.sourceforge.jp/ です。

ご意見・ご感想は、 http://sourceforge.jp/projects/webglmol/forums/ または
biochem_fan@users.sourceforge.jp までお気軽にどうぞ。
